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2014年7月8日，西南交通大学与成都市第三人民医院、2014年7月10日，西南交通大学与成都军区总医院共同签署战略合作协议，共建西南交通大学医学院、西南交通大学基础医学院，西南交通大学临床医学院和西南交通大学附属医院。西南交通大学、成都市第三人民医院、成都军区总医院揭开了双方战略合作、合作共赢的新篇章。一所志存高远、人才济济的一流大学，一所拥有真诚善良医生的一流医院，将在天府之国和四川并肩而立。

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在学科建设方面，学院将以药学、生物医学工程、临床医学、生物化学、分子生物学等学科为基础，逐步完善从本科到硕士、博士的培养体系；在加强现有师资培训的同时，积极引进高层次、高层次人才，努力培养和引进基础医学和转化医学领域的国家学术带头人；紧紧围绕人才培养和学科建设搭建相关科研平台；搭建多类型的国际合作与交流平台，积极与国内外高水平医学院校及相关医疗机构开展学术研究合作与交流。